La presencia de la Iglesia en Gibraltar era muy importante. Un buen número de templos y cofradía se distribuían por su limitado territorio hasta el brusco cambio producido por la ocupación de los ingleses.
Para conocer la vida religiosa en Gibraltar hay que referirse a Alonso Hernández del Portillo, autor de Historia de la Muy Noble y Más Leal Ciudad de Gibraltar, escrita entre los años 1605 y 1610, y revisada por el propio autor entre 1615 y 1622, así como otras notas marginales aportadas unos años más tarde por algún miembro del Cabildo gibraltareño, según el destacado estudio que en su día realizó el historiador Antonio Torremocha.
El jurado Hernández Portillo destaca la importancia de su ciudad, señalando que, “está en la diócesis de Cádiz y Algeciras, y fuera muy justo que el obispo de este obispado residiera con la catedral los seis meses aquí; pero esta ciudad jamás lo ha pretendido, que si lo pretendiese, me parece que sí residiría, pues hoy el dicho obispo se intitula de Cádiz y Algeciras.
En efecto, Alfonso XI tras conquistar Algeciras en 1344 consiguió que el papa Clemente VI autorizara el traslado de la silla episcopal gaditana a la ciudad. Así la diócesis pasó a denominarse de Cádiz y Algeciras. Al producirse la destrucción de la plaza por el rey de Granada Muhammad V, ésta quedó abandonada. En 1462 el monarca Enrique IV otorgó el término algecireño a la recién conquistada Gibraltar.
En su descripción de los edificios religiosos, el cronista gibraltareño trata del origen de la Iglesia Mayor -Santa María la Coronada actual-, indicando que debió ser una mezquita morisca, “como muestra la fábrica que está en el patio de los Naranjos”. Atribuye a los Reyes Católicos su construcción, “la mandaron labrar y trazar como ahora está empezada (...) Los dichos señores Reyes Católicos para la fábrica de esta iglesia le hicieron merced de la mitad de sus tercias, que les tocaba de los diezmos de esta ciudad que las tiene perpetua”.
Por su parte, el cura Romero de Figueroa, que permaneció en la plaza tras la entrada de los ingleses, escribió en 1707, en pleno bloqueo del ejército español, que habiéndose hecho los cristianos con la ciudad, fueron en aumento las familias allí instaladas y al no caber en la zona de la Villa Vieja y la Barcina, pasaron a ocupar los terrenos donde “los moros tenían sus jardines y huertas”. Cuando Romero se hallaba en la iglesia -la actual catedral católica-, aún permanecían los naranjos que se encontraban crecidos cuando la ciudad fue ganada a los musulmanes, y que él mantenía “como he hecho en este tiempo del largo y molesto sitio que cuando escribo esto corre el quinto año, los he regado muchas veces con mis manos”.
Romero informaba que faltaban los libros bautismales y matrimoniales, “de más de noventa años”, atribuyendo ello al asalto que hicieron los turcos en 1540.
Volviendo al relato de Hernández del Portillo, manifiesta, que aparte de la iglesia Mayor, existían otros tres monasterios, dos de frailes y uno de mojas, “el primero que en esta ciudad se fundó fue el del señor San Francisco. El año cierto de su fundación no he podido saber, pero es verosímil haberse fundado el año de 1490, poco más o menos”. Y continúa, “otro monasterio hay en esta ciudad, de Nuestra Señora de la Merced, redención de cautivos. Por el año de 1581 admitió la ciudad estos religiosos en ella con ciertas condiciones y capítulos”. Fue fundado en una ermita llamada de Santa Ana por Juan Bernal, que había llegado al Peñón para dar un sermón con motivo de una celebración religiosa. En este monasterio profesó el gibraltareño fray Juan Asensio, contemporáneo de Portillo.
Respecto de esta orden mercedaria, no puede perderse de vista que Gibraltar era base para la organización del rescate de cautivos en el norte de África. Tan importante era esta labor, que el hermano mayor de la congregación de la Escuela de Nuestro Señor Jesucristo, solicitaba el 20 de noviembre de 1674, del obispo de Cádiz, que se nombrase doce religiosos, “que tengan la suficiencia para instruir y consolar a los pobres cristianos cautivos en el reino de Marruecos y en poder de los moros”.
Por su parte, retomando la descripción de Hernández, el monasterio de Santa Clara, señala el cronista, “es de monjas de grande recogimiento y observancia, tanto que los frailes de San Francisco, convento al que está subordinado, afirman ser el de mayor santidad y recogimiento en su provincia”. Dos hermanas, vecinas de la ciudad costearon el dinero necesario para su construcción. Fue fundado en 1587.
